永續農業創新發展中心在本校與教育部支持下，於107年成立，第一期(107-111年)整合校內五大校級中心，包括前瞻理工科技研究中心、環境保育暨防災科技研究中心、先端產業精密製程中心、大數據中心及人文與社會科學研究中心等研究中心之人力設施等資源，並整合校內外農學、環境/生態科學、工學、理學、人文藝術等跨領域專業人才組成研究團隊，基於各研究領域之優勢下，共同實現農業永續發展之理念，創造農業永續發展之新未來。本中心以整合現代化的技術/設備應用於農業發展，以達循環經濟、生態平衡、經濟發展及節能減碳的永續農業為目標。
第二期(112-116年)跨領域整合校內三大校級中心及八大學院，分別為前瞻理工科技研究中心、環境保育暨防災科技研究中心、智慧農業研發中心等三中心及農資學院、工學院、生命科學院、電機資訊學院、理學院、獸醫學院、文學院、法政學院等八學院，建構出嶄新的研究中心，主軸在於以現代化的技術/設備應用於農業永續發展暨淨零碳排為導向，達成循環經濟、生態平衡、經濟發展及節能減碳的永續農業為目標。
第二期(112-116年)
本中心四大研究領域包括：循環農業、設施農業、生態農業、科技農業等。
1. 循環農業
全球農業剩餘資材及廢棄物數量龐大，再循環有效利用具土壤碳匯莫大潛力，應用多項創新生物技術開發土壤碳匯及碳循環技術，以零碳排方式轉換為有機質肥料產品與生物刺激素等價值附加產物，提升土壤碳匯、作物固碳，土壤品質與抗逆境韌性。
2. 設施農業
以前瞻設施改善農作物產量與品質，透過感測、AI，導入資通、物聯網等技術，建構管理與決策協作模式。農業綠能之開發，儲能、智慧電網、自發電生物感測技術，達成農牧節能減碳，生長環境良好之控制及永續經營。
3. 生態農業
土壤、濕地及森林為碳匯的主要區域，亦最易受到氣候變遷之災害損傷。以聯合國指標SDG15為核心、國際自然保護聯盟之NbS為策略。結合坡地地景、森林生態、濕地環境與農村社會領域，解決目前所面臨之農業發展困境與生態保育策略衝突以及過度發展造成生態保育困難等問題，發展自然解方之生態復育、友善農業與健康農村間之策略與方法。
4. 科技農業
以科技改善作物生產過程之減碳排、增碳匯，發展降低溫室氣體排放之管理模式，新穎生物性病蟲害防治與抗逆境資材確保糧安。 多元遙測影像由空中、地面及地下全方位領域提供土壤碳匯、生產、作物空間分布與溫室氣體排放資訊，建構有機碳儲存潛勢(SOCSP)數據，供台灣土壤碳匯價值化、總量與碳交易市場，並輔以人文發展進程中氣候變遷之群眾議題及相關法規調適。
第一期(107-111年)
本中心四大研究領域包括：循環農業、新穎材料農業、設施農業、生態農業等。
1. 循環農業
應用優良微生物減少化學肥料施用、增加土壤養分有效性、作物抗逆境、產量及品質；開發全世界最快速自動化處理農業有機廢棄物的技術；以高端生化技術將農業廢棄物轉化成高價值化合物。
2. 新穎材料農業
透過新穎材料技術解決全球迫切之三大議題：食品安全、環境變遷及環境永續發展，本團隊規劃友善環境農業新穎材料研發、農業新穎材料在植物保健開發與應用、農業新穎材料在農產品保鮮開發與應用及農業新穎材料在農作物生理機理及安全評估等研究子題。
3. 設施農業
為解決農業勞力及極端氣候問題，本團隊將開發創新生物感測器並結合自發電裝置應用於動植物生長及環境因子的監控，建立智慧農業及大數據之基礎設施；開發創新節能/綠能設備、儲能設備；開發特殊波段節能LED燈生產優質及安全的食品，並進行農畜產品的消毒殺菌。
4. 生態農業
農業生態環境是多元及複雜的系統，本團隊將研究整合農業生產及環境因子的交互關係，兼顧農業經濟發展與環境生態平衡，包括建立動植物及水產養殖排放溫室氣體的基礎資料，提供生態系價值評估機制；建立農業生物多樣性指標及發展環境友善生態農法，以植物保護為基礎之多元病蟲害防治技術；開發對環境友善之精準農業栽培管理技術，以減少農業生產對生態環境之破壞；並以人文社會關懷思維調整農業政策，維糧食安全及農業永續經營，希冀人文、生態及農業經營對話，重新定義農業發展價值，本中心將成為全球發展永續農業研究的標竿。